Cette histoire commence grâce à l'initiative d'un homme, Kaien Hikari : faire coexister deux mondes qui n'étaient pas fait pour se rencontrer, celui des Hommes et celui des êtres aux capacités hors du commun.
Il fonda, pour cela, un lycée en périphérie de Tokyo, un lieu où personne n'aurait à cacher sa véritable nature.Le défi pouvait paraître fou et irréalisable. Pourtant, l'établissement connut un succès inimaginable. Les êtres éthérés ("magique" pour les néophytes) qui avaient passé leurs existences à se cacher du grand public chacun dans leur coin, seuls, affluèrent rapidement. Attirés par la simple idée de ne plus être seul, de côtoyer des personnes avec une existence et un passé similaire.
Dans le monde secret, le Lycée Kisu s'était fait un nom. Devenu un synonyme d'espoir pour tous ceux considérés comme des monstres et des parias. La vie devenait plus simple, moins de secret à porter seul, moins de solitude.

Les êtres éthérés pouvaient goûter à une vie "normale" et "paisible"... Bien sûr, il y eut quelques incidents : Une attaque de zombies le soir d'Halloween, Une fête de Noël qui tourne mal, et bien d'autres événements qui animaient la vie quotidienne du lycée Kisu sans porter de réels conséquences.Mais tout commença à changer la nuit du 21 Décembre 2012. Le Lycée connue sa nuit la plus sombre ! Une guerre éclata au sein de l'établissement entre L'ordre Noir, dirigé par un homme répondant au nom d'Aldamar, et les élèves qui défendaient le lycée.Les affrontements furent nombreux et sanglants. Ils y eurent beaucoup de blesser. Mais avant la fin de la nuit, la guerre prit fin, aussi rapidement qu'elle était venue.

Au petit matin la moitié du lycée et une partie du quartier voisin étaient détruites. Les mois qui suivirent furent difficile, la reconstruction des dégâts cribla le lycée Kisu de dette et le moral des élèves étaient au plus bas. Mais comme a chaque coup dur, Kisu ce relevait doucement grâce au soutient de tous. Et alors que les travaux de reconstruction prenaient fin, un nouveau coup ébranla non seulement l'établissement Kisu mais aussi le monde secret des éthérés... L'existence des êtres magiques fut révélés au grand public avec preuves, témoins et tout le bataclan ! A l'annonce, Kaien Hikari ferma immédiatement le lycée Kisu en donnant pour instruction aux élèves et aux professeurs de se disperser. Les jours heureux venaient de prendre fin !

Une année s'écoula, le monde avait changé et l'existence des êtres éthérés était de nouveau passé sous silence, grâce à l'intervention d'une organisation, protecteur de ce grand secret depuis des millénaires, l'affaire fut oubliée et Kisu reconstruit.
Le Lycée Kisu n'était plus mais l'Académie Kisu naissait des cendres !
Kaien Hikari reprenait la direction de l'établissement, soutenue par un ancien professeur taciturne, Ryuh Dragoon, et d'ancien élève fidèle à l'esprit de Kisu. La coexistence de toute race ! L'académie Kisu était plus grand et n'était plus un lycée mais convenait maintenant a tout le monde. Réunissant en un lien un collègue, un lycée et une université.

Tout avait été mis en place pour accueillir les êtres éthérés de tout âges et du monde entier. Kisu ouvre c'est porte pour la deuxième fois. Une nouvelle ère c'était mis en place! Et tous, anciens comme nouveaux, furent invités à y prendre place.